یکی از کارآمدترین و مهم­ترین نظام­های بخش کشاورزی، تعاونی­های تولید کشاورزی است. اعطای یارانه­های تولیدی به این تشکل­ها از مهم­ترین سیاست­های حمایتی دولت به شمار می­رود. با اجرای سیاست هدفمندسازی یارانه­ها و حذف یارانه­های تولیدی این نگرانی بوجود آمد که کشاورزان عضو تعاونی­ها به دلیل افزایش هزینه­ها محتمل ضرر گردند. این پژوهش به منظور شناسایی آثار ناشی از اجرای سیاست هدفمندی یارانه­ها بر افزایش هزینه­های تولیدی اعضاء تعاونی­های کشاورزی شهرستان لنجان انجام گرفت. روش انجام پژوهش توصیفی – تحلیلی و جامعه آماری این پژوهش 4 تعاونی کشاورزی فعال در شهرستان با 2809 نفرعضو بوده است. حجم نمونه از طریق فرمول کوکران با روش طبقه ای 180 نفر تعیین گردید. داده­های گردآوری شده از پرسشنامه در نرم­افزار SPSS تحلیل شد. نتایج نشان داد که اجرای سیاست هدفمندی یارانه­ها، باعث افزایش هزینه­های تولید بهره­برداران عضو تعاونی­های کشاورزی (زراعت و باغ­داری) شده است، در حالی که اجرای این طرح کاهش اعتبارات و محدودیت منابع مالی اعضاء را در پی نداشته است. بر اساس نتایج آزمونANOVA میزان درآمد، سطح سواد، سن اعضاء در کاهش هزینه تعاونی­ها نقش نداشته است، در حالی که سابقه عضویت در افزایش هزینه­ها اثرگذار بوده است.